甘肅簡牘博物館是在省委省政府領導的親切關懷下，由甘肅省機構編制委員會于2012年12月12日批準新設的省文物局下屬的縣級事業(yè)單位。核定事業(yè)編制20名，主要承擔甘肅出土簡牘的收藏保管、保護修復、整理研究和展示利用等職責。原甘肅簡牘保護研究中心的職責并入甘肅簡牘博物館。

1907年和1914年，英籍匈牙利人斯坦因（Marc Aurel Stein 1862—1943）第二、第三次中亞考察,先后在敦煌至酒泉、張掖、額濟納旗一線漢塞烽燧掘獲漢簡3000余枚，被譽為上世紀出土文獻的四大發(fā)現(xiàn)之一。1930年至1931年，中瑞西北科學考查團成員瑞典考古學家貝格曼在兩漢居延地區(qū)發(fā)現(xiàn)漢簡11000余枚，是當時中瑞西北科學考查團的重大收獲。1949年后，又先后發(fā)現(xiàn)武威《儀禮》簡、醫(yī)藥簡、王杖簡460多枚，居延新簡（甲渠候官）8400多枚，肩水金關漢簡12000余枚，敦煌馬圈灣漢簡1200多枚，甘谷漢簡20多枚，天水放馬灘秦簡460多枚，懸泉漢簡23000多枚，水泉子漢簡600多枚，黃家灣晉簡30多枚。此外，還有一些零星的吐蕃文、西夏文的木牘。甘肅是漢簡大省，不僅出土數(shù)量多，而且在近世以來發(fā)現(xiàn)最早，研究歷史最長，是研究歷史、文化、絲綢之路、中外關系、西北邊疆的中外學者奮力耕耘的重要領域。

甘肅簡牘整理研究的專門機構始自1986年。甘肅省博物館和甘肅省文物考古研究所分設后，“漢簡整研室”是甘肅省文物考古研究所的一個內設機構。曾先后在此工作過的同志有：初世賓、薛英群、吳礽驤、何雙全、馬建華、張俊民、張德芳、柴生芳、王元林等。

從2005年開始，甘肅簡牘的保護整理和研究利用問題受到省內外社會各界的強烈關注，政協(xié)委員、人大代表連年提出提案和建議，希望有關部門重視和加強甘肅簡牘保護利用的力度，充分發(fā)揮甘肅簡牘作為特色優(yōu)勢文化資源的應有效益。2007年，省編委批準在甘肅省文物考古研究所加掛“甘肅簡牘保護研究中心”的牌子，增加事業(yè)編制8人，專門承擔甘肅出土簡牘的保護整理和研究利用等職責，并在用地用房以及經費問題上加以支持。

“甘肅簡牘保護研究中心”成立后，甘肅簡牘的保護整理研究等各方面工作上了一個新的臺階。一是開始進行全面保護，對長期浸泡在水里的放馬灘秦簡進行了脫水、脫色、整形、滅菌、加固、封裝等工作，對河西出土的漢簡已經或正在采取有效措施，進行科學保護；整理工作取得很大成績，初步文字釋讀已全部完成。延滯四十年之久的《肩水金關漢簡》陸續(xù)出版，現(xiàn)已出版壹、貳、叁三冊，使之進入了學術研究領域。2014至2015年,全書五冊將全部出齊?！稇胰獫h簡》的整理釋讀工作也已基本完成，從明年開始陸續(xù)出版，力爭在幾年之內出版完畢。甘肅簡牘研究中心還多次組織簡牘學專家赴居延、敦煌等漢簡出土地實地考察，召開了甘肅省第二屆簡牘學國際學術研討會、居延遺址和絲綢之路國際學術研討會，出版了專門的論文集《居延敦煌漢簡出土遺址實地考察論文集》、《甘肅省第二屆簡牘學國際學術研討會論文集》（均上海古籍出版社2012年版），陸續(xù)同西北師大合編《簡牘學研究》，并發(fā)表論文近百篇。

隨著中共十七屆六中全會精神的貫徹落實和甘肅省委省政府“華夏文明傳承創(chuàng)新區(qū)”建設戰(zhàn)略的提出，在“甘肅簡牘保護研究中心”的基礎上成立“甘肅簡牘博物館”，使簡牘這一特色文化資源在全省經濟文化建設中發(fā)揮更大作用，已成為各級領導和社會各界的共識。目前，“甘肅簡牘博物館”的建設已被列入全省“華夏文明傳承創(chuàng)新區(qū)”建設的重大項? ??，得到省委省政府的高度重視和國家文物局的大力支持。正在積極開展選址、立項、建館和制定保護、整理、研究和展示利用的中長期規(guī)劃。力爭在三年之內建成一座規(guī)劃科學、設計先進、功能齊全的現(xiàn)代化專業(yè)博物館，為甘肅文化建設增添一座標志性建筑。